Vor hunderten Jahren eroberte der dunkele Gott Loptr den Kontinent Jugdral.
Nur durch das wundersame eingreifen von zwölf anderen Göttern, die einen Pakt mit zwölf Menschen schlossen und ihnen ihre Macht zur Verfügung stellten konnten die Lande wieder ins Licht geführt werden.  Die zwölf Menschen, die dies bewerkstelligten, gründeten nach Kriegsende sechs Königreiche, wobei das zentrale Königreich von Grannvale wiederum in sieben Herzogtümer aufgeteilt wurde.   

Eines dieser Herzogtümer ist Chalphy.  Vylon, der Herzog von Chalphy, befindet sich zu Beginn des Spiels außer Landes, da er zusammen mit den anderen Herzögen im Krieg mit dem Königreich im Nordosten, Isaach.  Sigurd, Vylons Sohn, hat derweil die Aufsicht über die Ländereien inne.  Banditen aus Verdane, dem Königreich im Südwesten, nutzen die Gelegenheit, da alle Heere weit weg sind, und greifen Jungby an.  Adean, Sigurds Freundin seit Kindheitstagen wird dabei entführt.  Als Sigurd dies erfährt, reitet er mit seinen restlichen Truppen umgehend zu ihrer Rettung.  Dabei bekommt er Unterstützung von seiner Schwester Ethlyn und ihrem Mann, Prinz Quan von Leonster.   Im Verlauf der folgenden Schlachten sammelt Sigurd eine große Truppe an Freunden und Verbündeten, darunter Shanan, den jungen Prinzen von Isaach und seine Tante, die Schwertkämpferin Ayra, sowie Deirdre.  Sie ist einne Erbin des legendären und mächtigen Kreuzritters Heim und die einzige, die in der Lage ist, sich der Macht Loptrs direkt entgegen zu stellen.  Sie und Sigurd verlieben sich unsterblich, heiraten und haben einen Sohn, Seliph. Während dieser Zeit rumort es allerdings hinter den Kulissen Grannvales.  Einige Herzöge wollen den amtierenden König stürzen, und der Erzbischof der Loptr-Sekte, Manfroy, der lange im Untergrund gearbeitet hat verbündet sich mit Arvis, dem Erben von Velthomer.  Manfroy entführt Deirdre, löscht ihre Erinnerungen und verheiratet sie mit Arvis.  Im Gegenzug wird dieser Sigrud und dessen Vater verraten und des Mordes am König beschuldigen.  Ohne dass Arvis dies klar ist, verfolgt Manfroy seine eignen, viel dunkleren Ziele.  Der Sohn aus Deirdres und Arvis Verbindung wird ein neues Gefäß für den dunkelen Gott Loptr werden.  In der Hoffnung seinen Namen reinzuwaschen begibt sich Sigurd nach Grannvale.  Quan und Ethlyn, die ihn zeitweise verlassen hatten versuchen mit einem Heer Unterstützung zu bieten, werden jedoch von König Travant von Thracia vernichtend geschlagen und ihre Tochter Altena entführt.  Sigurd ergeht es nicht besser.  Zwar gelangt er bis nach Grannvale und schafft es, viele der wahren Verräter zu besiegen, doch Arvis lockt ihn in eine Falle.  Dieser hält ihm ein letztes Mal Deirdre vor, die sich beinahe wieder an ihre wahre Liebe erinnern kann und tötet dann Sigrud und seine Begleiter.

Die zweite Hälfte des Spiels schließt siebzehn Jahre später an.  Imperator Arvis hat den gesamten Kontinent zu einem Imperium vereinigt, doch sein Sohn Julius, indem sich Loptr manifestiert hat, beginnt mehr und mehr Macht an sich zu reißen.  Der Imperator ist kaum mehr als eine Marionette.  Die Loptr-Sekte von Manfroy beginnt öffentlich aktiv zu werden und Angst und Schrecken zu verbreiten.  Seliph, der Sohn Sigurds, kann diesen Zustand nicht mehr hinnehmen.  Er gründet in Isaach eine Freiheitsarmee und rebelliert gegen das Imperium.  Unterstützung erfährt er dabei auch durch die Kinder der Truppen seines Vaters, sowie besonders durch Julia, die Schwester von Julius und die Halbschwester von Seliph:  Ihre Mutter Deirdre hat ihr die Macht Nagas vererbt und nur sie kann sich wahrhaft gegen Loptr stellen.  Doch auf dem Weg dorthin stellen sich die Armeen eines Imperiums und die Gläubigen eines dunkelen Gottes der Freiheitsarmee in den Weg...