Vor langer Zeit wurde der Kontinent Akaneia vom Schattendrachen Medeus und seinem Imperium von Doluna heimgesucht.  Anri, ein alteanischer Jugendlicher, stellt sich gegen Medeus.  Sein heiliges Schwert Falchion durchdringt die Schuppen des Drachen und bringt dem Kontinent Frieden. 

Nach einem Jahrhundert wird Medeus jedoch durch  den dunkelen Zauberer Gharnef wiederbelebt. Zusammen mit den Königreichen von Medon und Grust wollen sie die Welt erobern.  Cornelius, der König von Altea und Nachfolger Anris, nimmt Falchion und zieht in die Schlacht.  Seinen Sohn Marth und seine Tochter Elice schickt er zu seinem Verbündeten, Gra.  Doch Gra verrät Altea.  Die Truppen von Medeus und Gharnef zwingen Marth, zu fliehen, während Elice zurückbleibt um Marth Zeit zu kaufen.  Cornelius wird ind er Schlacht getötet und das Falchion fällt an Medeus.  Mit ein paar loyalen Rittern findet Marth auf der Insel Talys Zuflucht.
 

Ein paar Jahre später wehrt Marth eine Pirateninvasion vor den Küsten von Talys ab.  Der König von Talys schließt daraus, dass Marth kräftig genug ist, sich gegen Doluna zu stellen; er versorgt den alteanischen Prinz mit Truppen und gestattet seiner Tochter, Prinzessin Shiida, Marth zu begleiten.  Zuerst befreit Marth das Königreich Aurelis, das als letztes Land noch nicht von Doluna und seinen Allierten bezwungen wurde, und sichert sich die Loyalität von Hardin, dem Bruder des Königs von Aurelis und seinen Rittern.  Auch trifft er auf Prinzessin Nyna, die den Widerstand gegen Doluna anführt.  Sie übergibt Marth die Heeresführung und das Fire Emblem, ein mächtiges Artefakt, dass den Träger als Helden und Retter auszeichnet.

Nach und nach bezwingen sie Grust und Gra, doch Gharnef können sie nicht anrühren.  Sein Zauberbuch Imhullu schützt ihn vor jeglichem Schaden.  Der Weise Gotoh informiert ihn, dass nur das zauberbuch Sternenlicht ind er Lage ist, Imhullu zu durchbrechen.  Marth sucht die Zutaten, um Sternenlicht herzustellen und weckt dabei einen weiteren mächtigen Verbündeten:  Den heiligen Drachen Tiki.  Sie ist fähig, sich Medeus zu stellen, sollte Marth Falchion nicht mehr zurückbekommen können.   Schließlich besiegt Marth auch Medon und Gotoh stellt Sternenlicht her.  Nun ist es Marth möglich, Gharnef zu bezwingen und Falchion zurückzubekommen.  Endlich kann er sich gegen Doluna wenden und mit der vereinten Kraft des heiligen Drachen und des heiligen Schwertes wird Medeus einmal mehr besiegt.  Marth bringt dem Kontinent Frieden, heiratet Shiida und nimmt seinen Platz als rechtmäßiger König von Altea ein.

Hardin, einer der größten Unterstützer Marths im Krieg gegen Medeus, und Nyna, die rechtmäßige Erbin des Königreiches von Akaneia heiraten.  Doch die politische Natur dieser Ehe bedeutet, dass die beiden keine echte Liebe füreinander empfinden.  Dies treibt Hardin in eine Depression, die Gharnef, der dunkele Magier von Khadein benutzt, um sein Ziel zu erreichen:  Medeus wiederzuerwecken und die Welt zu erobern.  Er gibt Hardin die Dunkelsphäre, die den einst so geliebten Herrscher zu einerm finsteren Abbild seiner selbst transformiert.  Doch diese Veränderung ist schleichend, und zunächst bemerkt nur Nyna etwas.  Hardin gibt sie Gharnef als Opfer für sein dunkeles Ritual.

Derweil ersetzt Hardin den Herrscher von Grust, Lorenz, durch einen gnadenlosen Tyrannen, Lang, und brandmarkt Lorenz als Verräter und Rebellen.  Er bittet Marth, seine Alteanische Armee nach Grust zu führen um die Rebellion zu zerschlagen.  Marth ist überrascht über dieses Vorkommnis, hat aber keine Beweise, dass etwas im Argen liegt.  Während er gegen Lorenz Truppen kämpft, wird er mehr und mehr der tyrannischen Natur Langs gewahr, bis er einen Punkt erreicht, an der er nicht mehr den Befehlen Langs gehorcht.  Doch während er sich mit Lang befasst, fällt Altea einem Überraschungsangriff Hardins.  Nur Shiida kann entkommen. 

Gemeinsam bekämpfen sie nun die große Armee von Akaneia, bis ihnen durch den Weisen Gotoh gezeigt wird, wer das wahre Übel ist.  Die Dunkelsphäre, die Hardin durch Gharnef bekommen hat muss durchdrungen werden um Hardin noch zu retten.  Dazu bedarf es der Lichtsphäre.  Auf dem Weg zur Lichtsphäre folgt er den Spuren seines Vorfahren Anris und lernt über die Hintergründe der Drachen, des Kontinents und die Zusammenhänge in die er sich verstrickt.  Am Ende seines Zuges gewinnt er die Lichtsphäre und stellt sich Hardin. 

Nach einer langen Kampagne gelingt es ihm endlich, Hardin zu besiegen, der, nun wieder bei Verstand, Marth anfleht gegen Gharnef zu ziehen und Nyna zu retten.  Doch Gharnef ist schon weit fortgeschritten.  An der Drachentafel, umringt von unzähligen  Erdrachen, beschwört er Medeus in eine wesentlich mächtigere Form als die, die er im Krieg zuvor hatte.  Marth stellt sich dem Drachen ein weiteres Mal, Falchion an seiner Seite...