Die eigene Burg ist ein neues Feature, was in Fates eingeführt wurde. Zwischen den Kapiteln kann man sich in seinen eigenen Mauern zurückziehen. Hier könnt ihr Gebäude (aus)bauen, Minerale und Nahrung ernten, einkaufen gehen und viel mehr.

Ihr habt die Möglichkeit, die Burg komplett nach eurem belieben anzupassen – sogar das Terrainlayout, die Hintergrundmusik oder der eigene Assistent können gewählt werden. Über das Internet könnt ihr andere Spieler besuchen und deren Gebäude nutzen oder sie zum Kampf herausfordern. Die Kämpfe zwischen Spielern finden ebenfalls innerhalb der eigenen Burg statt; bereitet also einige Fallen vor!

Um ein Gebäude zu bauen oder auszubauen, benötigt ihr Drachenpunkte. Diese erhaltet ihr durch abschließen von Kapiteln oder dem Nutzen von Mehrspieler-Funktonen.

Mit einem Acker, einer Mine oder einer Plantage könnt ihr Materialien ernten. Jede Burg bekommt von jedem einen Typ; zum Beispiel hat der eine Spieler Äpfel, während der andere Birnen besitzt.
Die Materialien können genutzt werden, um Waffen zu verfeinern oder Essen in der Kantine herzustellen. Je nach Materialien und Vorlieben eurer Charaktere, hat die Wahl der Zutat bestimmte Effekte.
Beim Schmieden benötigt ihr für jeden Waffentyp ein anderes Mineral. Andere Spieler zu besuchen und deren Materialien zu ernten ist also ein Muss.

Spielt ihr die Nohr-Route, so werdet ihr in den Läden Zugriff auf typische westliche Waffen und Items haben. Bei Hoshido dagegen asiatische. Solltet ihr an „ausländischen“ Items Interesse haben, solltet ihr einen Spieler der jeweils anderen Fraktion besuchen, um in deren Märkten vorbeizuschauen.
Jeder Laden wird jeden Tag von einem anderen Charakter der eigenen Truppe geleitet. Je nach Charakter sind dessen passenden Items zu der Zeit im Sonderangebot – ein Schwertkämpfer verkauft euch Schwerter günstiger als andere.
Nach Abschluss eines Kapitels, oder wenn viel Echtzeit vergangen ist, wechselt die Zeit in eurer Burg von Morgen zu Tag, Abend und Nacht und wiederrum morgen. Beim Zeit- oder Tageswechsel werden einige Gebäude wieder re-aktviert (wie das ernten von Nahrung am Acker) und die Verkäufer können wechseln.