Im Königreich Ylisse führt der junge Prinz Chrom eine kleine Schutztruppe, die Hirten, an. Eines Tages findet er am Straßenrand eine bewusstlose Gestalt, Robin. Er/Sie hat keine Erinnerungen mehr und nachdem er/sie seine/ihre Fähigkeiten beweisen konnte, nimmt Chrom ihn/sie in seiner Truppe auf.
Als kurz darauf ein mysteriöses Tor am Himmel erscheint und einen geheimnisvollen Schwertkämpfer und obendrein viele untote Soldaten in Chroms Welt entlässt, nimmt die Geschichte ihren Lauf.
Chrom reist ins Nachbarland Ferox, um militärische Hilfe gegen die Untoten zu erbitten. Chroms Schwester Emmeryn, die Herrscherin über Ylisse, wird gegen ihren Willen in einen Krieg mit Plegia verwickelt, da sie das Fire Emblem hütet. Es ist ein mächtiges Relikt aus vergangener Zeit und dient als Siegel für den dunklen Drachen Grima.
Chrom beendet den Krieg gegen Plegia und Ylisse ist seitdem zwei Jahre lang von Frieden gesegnet.
 

In diesen zwei Jahren hat Chrom geheiratet und ist mittlerweile Familienvater.
Diesmal wird er von Ferox um militärische Hilfe gegen das Imperium Valm gebeten und erneut findet sich Chrom in einem riesigen Krieg wieder. Während dieses Krieges offenbart Marth seine wahre Identität und den Grund, weshalb er zwei Jahre zuvor durch das Dimensionstor in Chroms Welt kam.

Mit diesen für Chrom zunächst schockierenden Offenbarungen führt er den Krieg gegen Valm fort. Währenddessen muss Chrom den heiligen Drachen Naga wiedererwecken, denn der neue König von Plegia, Valldar, will seinerseits Grima wiedererwecken.

Chrom muss dessen Wiedererweckung unbedingt verhindern, sonst ist seine Welt dem Untergang geweiht. Andererseits muss er sich auch dem Krieg gegen Valm widmen.
Wird Chrom dieser Doppelbelastung gewachsen sein?